系统生物学入门（第二版）_马彬广译_2023

基本信息
商品名称：系统生物学入门（原书第二版）
作者： 马彬广 
出版时间：2023-11-01
出版社：科学出版社
页数：382
定价： 298.00
ISBN号：9787030748416 
版次： 2

内容介绍
本书是美国Garland Science出版集团出版，美国乔治亚理工大学教授、杰出系统生物学家Eberhard O.Voit撰写的A First Course in Systems Biology第二版的中文译本，对系统生物学的产生背景及主要研究内容和研究方法进行了系统阐述，既涵盖系统生物学的基础知识，又指出了系统生物学领域的最新成果和发展方向。全书共15章，分别叙述系统生物学的背景及含义、数学建模介绍、静态网络模型、生物系统动力学模型、生物模型中的参数估计方法、基因系统、蛋白质系统、代谢系统、信号转导系统、种群系统、系统整合分析案例、心脏组织系统模型、医学和药物开发中的系统生物学、生物系统的设计、系统生物学的新兴主题等内容。每章末尾附有习题、参考文献和拓展阅读。书中包含300余幅精心制作的插图，且各章含有专题，对主题相关知识进行补充介绍。

目录
1生物系统
还原主义与系统生物学
即使是简单的系统也会令人困惑
为何是现在？
交流系统生物学
我们面临的任务
练习
参考文献
拓展阅读
2数学建模介绍
目标、输入和初步探索
2.1尺度问题
2.2数据可用性
模型选择与设计
2.3模型结构
2.4系统组件
2.5模型方程
2.6参数估计
模型分析与诊断
2.7一致性和稳健性
2.8动态特征的探索和验证
模型使用和应用
2.9模型扩展和改进
2.10大规模模型评估
2.11设计问题
2.12简单性与复杂性
练习
参考文献
拓展阅读
3静态网络模型
分析策略
互作图
3.1图的属性
3.2小世界网络
网络组件之间的依赖关系
3.3因果关系分析
3.4互信息
相互作用网络的贝叶斯重构
3.5在信号网络中的应用
3.6在其他生物网络中的应用
静态代谢网络及其分析
3.7化学计量网络
3.8化学计量分析的变体
3.9代谢网络重构
3.10代谢控制分析
练习
参考文献
拓展阅读
4生物系统的数学
离散线性系统模型
4.1递归确定性模型
4.2递归随机模型
离散非线性系统
连续线性系统
4.3线性微分方程
4.4线性化模型
连续非线性系统
4.5专设模型
4.6规范模型
4.7更复杂的动态系统描述
生物系统模型的标准分析
4.8稳态分析
4.9稳定性分析
4.10参数灵敏度
4.11系统动力学分析
其他吸引子
4.12极限环
4.13混沌吸引子
练习
参考文献
拓展阅读
5参数估计
线性系统的参数估计
5.1单变量线性回归
5.2多元线性回归
非线性系统的参数估计
5.3全面网格搜索
5.4非线性回归
5.5遗传算法
5.6其他随机算法
5.7典型挑战
微分方程系统的参数估计
结构识别
练习
参考文献
拓展阅读
6基因系统
中心法则
DNA和RNA的关键特性
6.1化学和物理特征
6.2DNA的大小和组织
6.3基因和非编码DNA
6.4真核DNA包装
6.5表观遗传学
RNA
6.6信使RNA（mRNA）
6.7转运RNA（tRNA）
6.8核糖体RNA（rRNA）
6.9小RNA
6.10RNA病毒
基因调控
6.11lac操纵子
6.12调控模式
6.13转录因子
6.14基因调控模型
基因表达的检测
基因表达的定位
展望
练习
参考文献
拓展阅读
7蛋白质系统
蛋白质的化学和物理特征
7.1蛋白质结构的实验测定与可视化
蛋白质角色和功能的不完全调查
7.2酶
7.3转运蛋白和载体蛋白
7.4信号和信使蛋白
7.5免疫系统的蛋白质
7.6结构蛋白
当前蛋白质研究的挑战
7.7蛋白质组学
7.8结构和功能预测
7.9定位
7.10蛋白质活性与动态
练习
参考文献
拓展阅读
8代谢系统
生物化学反应
8.1背景
8.2基本反应的数学公式
8.3速率法则
通路和通路系统
8.4生物化学和代谢组学
8.5通路计算分析的资源
8.6通路系统的控制
代谢组数据生成方法
8.7取样、提取和分离方法
8.8检测方法
8.9流量分析
从数据到系统模型
8.10案例研究1：未完整描述的
生物体中的代谢分析
8.11案例研究2：代谢网络分析
8.12案例研究3：从实验数据抽提动态模型
练习
参考文献
拓展阅读
9信号转导系统
信号转导网络的静态模型
9.1布尔网络
9.2网络推断
信号转导系统的微分方程模型
9.3双稳态和迟滞现象
9.4双组分信号系统
9.5丝裂原活化蛋白激酶级联
9.6适应
9.7其他信号系统
练习
参考文献
拓展阅读
10种群系统
种群增长
10.1传统种群增长模型
10.2更复杂的增长现象
外部扰动下的种群动力学
亚群分析
互作种群
10.3一般建模策略
10.4相平面分析
10.5更复杂的种群动态模型
练习
参考文献
拓展阅读
11基因组、蛋白质和代谢物数据的整合分析：以酵母为例
关于模型的起源
对酵母热胁迫响应的简要回顾
11.1海藻糖循环
海藻糖循环的建模分析
11.2代谢通路模型的设计和诊断
11.3热胁迫分析
11.4考虑葡萄糖动力学
11.5基因表达
多尺度分析
11.6体内核磁共振谱
11.7多尺度模型设计
11.8海藻糖酶之谜
总结
练习
参考文献
拓展阅读
12生理建模：以心脏为例
尺度层级与建模方法
12.1心脏解剖学基础
12.2在器官层次建模
12.3在组织层次建模
12.4在细胞层次建模
简单振荡模型
12.5振荡的黑盒模型
12.6黑盒振荡模型小结
12.7从黑盒到有意义的模型
心肌细胞中的电化学
12.8心肌细胞膜电化学过程的
生物物理描述
12.9静息电位和动作电位
12.10动作电位模型
12.11重复的心跳
心脏衰竭问题
12.12基于分子事件对心脏功能和
衰竭进行建模
生理多尺度建模展望
练习
参考文献
拓展阅读
13医学和药物开发中的系统生物学
你是独一无二的吗？
13.1生物变异性和疾病
13.2变异性和疾病建模
个性化医疗和预防性健康
13.3数据需求和生物标志物
13.4个性化数学模型
药物开发过程
系统生物学在药物开发中的作用
13.5靶标和先导物的计算识别
13.6受体动力学
13.7药代动力学建模
13.8用动态模型筛选通路
13.9系统生物学在药物开发中的
新角色
练习
参考文献
拓展阅读
14生物系统的设计
生物系统的自然设计
14.1搜索结构模式
14.2网络模体
14.3设计原理
14.4操作原理
目标导向性操作与生物系统的合成设计
14.5代谢工程
14.6合成生物学
合成生物系统设计的案例研究
14.7代谢工程中的基元模式分析
14.8药物开发
14.9基因回路
未来已经开始
练习
参考文献
拓展阅读
15系统生物学的新兴主题
新兴应用
15.1从神经元到大脑
15.2复杂疾病、炎症和创伤
15.3生物体及其与环境的相互作用
建模需求
15.4多尺度建模
15.5数据建模流程
走向生物学一个理论 或多个理论？
参考文献
拓展阅读
术语表

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